Антитела к миелопероксидазе встречаются у большинства больных идиопатическим некротизирующим васкулитом с полулуниями, микроскопическом полиангиите, синдроме Чарга-Страусса, а также при гранулематозе Вегенера без антител против протеиназы. Также они могут обнаруживаться при синдроме Гудпасчера. Несмотря на высокую специфичность выявления антинейтрофильных антител при по отношению к системным васкулитам, встречаются при инфекционных, паранеопластическом и лекарственном васкулитах. При волчаночном нефрите выявляются редко.